Що варто знати про діагностику новітнього коронавірусу?

Що варто знати про діагностику новітнього коронавірусу - SARS-CoV-2?

Сьогодні використовуються два основних способи діагностики COVID-19 (коронавірусної хвороби, збудником якої виступає штам SARS-CoV-2, вперше виявлений в грудні 2019 року в місті Ухань).

Експрес-тести (імунологічний спосіб: тест-смужки для виявлення антитіл IgG+IgM в крові пацієнта). Додаткового обладнання не потрібно, результат відомий за 10-15 хвилин, проте достовірним може вважатися лише при тестуванні в гострій фазі захворювання (7-8 день опісля появи симптомів), раніше, за рахунок низького титру антитіл, можуть дати хибнонегативний результат.

Тому їх, як правило, використовують для первинного тестування - підтвердження повинне відбуватися за допомогою методів молекулярно-генетичної діагностики - а саме ПЛР (полімеразної ланцюгової реакції).

ПЛР-діагностика (тест-системи для виявлення РНК вірусу навіть на ранній безсимптомній стадії інфікування за допомогою природного механізму багатократного помноження генетичного матеріалу з використанням Taq-полімерази та гібридизованих міток, які прикріплюються до кожної копії, і , відповідно, детекцією такої великої кількості матеріалу спеціалізованим обладнанням.)

Для успішного проведення ПЛР-дослідження необхідно якісно виділити РНК з біоматеріалу пацієнта - змивів та мазків з рото- і носоглотки, бронхоальвеолярного лаважу, біопсійного матеріалу легень тощо. Виділення відбувається вручну чи автоматизовано за допомогою комерційних наборів реагентів (важливо, аби вони були сумісними із наборами для виявлення власне вірусу).

Важливим моментом є наявність відповідного термоциклера (ампліфікатора, ПЛР-аналізатора), який дозволить зчитати результати дослідження з використанням ВІДПОВІДНОЇ тест-системи. Складність полягає у наявністі в приладі каналів детекції саме конкретної гібридизованої мітки, яка використовується в тест-системі, інформація завжди вказується виробником.

Отже, основні моменти, на які варто звертати увагу при придбанні ПЛР тест-системи:

• система виділення РНК (набір реагентів повинен забезпечувати відповідний рівень екстракції та чистоти РНК);
• тест-система (увагу варто звернути на кількість стадій дослідження - чи наявний набір для зворотньої транскрипції (ЗТ), чи ЗТ і ПЛР відбувається в один або два кроки.

 

Більшість закордонних виробників впровадили систему One-Step - ЗТ та ПЛР відбувається уже в приладі, а не окремо. Також важливо знати, за скількома генетичними маркерами визначається наявність вірусу (сам вірус являє собою невелику послідовність РНК, здатну до частих мутацій, тому завдання розробника - знайти та підібрати праймери до ділянок, які НЕ схильні до мутацій).

Загальні рекомендації ВООЗ та CDC, FDA включають як мінімум три генетичні мішені:

• дві для виявлення власне SARS-CoV-2 (найчастіше - N gene, RdRP gene з відкритої рамки зчитування ORF1b);
• одна на виявлення SARS (E-gene).

 

Також варто звертати увагу на тест-системи, що використовують додаткові внутнішній контроль та контроль взяття матеріалу, наприклад, на RNAase P). Сумісність тест-системи із ампліфікатором. В Україні найбільш доступними та популярними є наступні моделі термоциклерів, тому у представника потрібно уточнювати адаптацію тест-системи до Вашого приладу:

1. «ДТ» ДТ-96, DT Prime, DT Lite (ДНК-Технология).
2. «Rotor-Gene» (Corbett Research).
3. «iQ5», «CFX96»(BioRad).

У цей же час ми бажаємо Вам дотримуватися правил карантину, не контактувати із людьми із симптомами ГРВІ та уникати скупчень людей. У разі поганого самопочуття - звертайтеся до сімейного лікаря.

Бережіть себе та своїх близьких!